El inmueble, cedido al Servicio Andaluz de Salud desde 1990 hasta la construcción del CARE Nicolás Salmerón, se encuentra totalmente deteriorado y en desuso. La Diputación critica que no se ha mantenido el cuidado del inmueble y pide a la Junta que asuma sus responsabilidades.
En mayo de 1990, la Diputación cedía el uso del Hospital Provincial y los bienes muebles incluídos en el mismo, al Servicio Andaluz de Salud. Un convenio que expiró en 2011 con la construcción del CARE Nicolás Salmerón y que incluía la rehabilitación del edificio para devolverselo a la Diputación, en el plazo de un año, en el estado en que se entregó en 1990. Sin embargo, la entrega no se hizo efectiva hasta agosto de 2013, y la situación actual del antiguo Hospital de Santa María Magdalena es prácticamente ruinosa.El Hospital Provincial fue declarado Bien de Interés Cultural en 2007, por lo que es un monumento de relevancia similar a la Alcazaba o la Catedral y el único inmueble del siglo XVI que permanece en pie en la capital. Desde la Diputación se reclama la rehabilitación de este espacio, actualmente en desuso.